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InscriptionMontpellier Le 2 mars 2022 17:45 CET
• Le programme AGIR, soutenu par le Programme des Investissements d’Avenir, a
permis de développer l’expertise et les capacités technologiques de DEINOVE et de
l’Institut Charles Viollette pour faire face au défi mondial de l’antibiorésistance.
• DEINOVE dispose aujourd’hui d’une plateforme industrielle unique en France et
exceptionnelle dans le monde pour découvrir, caractériser et produire de nouveaux
traitements antimicrobiens issus de la biodiversité bactérienne.
DEINOVE annonce aujourd’hui la clôture du programme AGIR¹ lancé en septembre 2017 et
mené en collaboration avec l’Institut Charles Viollette. Soutenu par la troisième vague du
Programme Investissement d’Avenir sous la forme d’un PSPC (Projets de recherche et
développement structurants pour la Compétitivité), AGIR avait pour objectif (i) la mise en
place des dernières avancées technologiques en matière de collecte, de culture, de criblage,
d’optimisation et d’évaluation de composés antimicrobiens issus de souches bactériennes
inexplorées et (ii) la validation de l’approche des partenaires pour identifier de nouvelles
structures antibiotiques susceptibles de conduire au développement de nouveaux
traitements.
Pour DEINOVE, le programme AGIR a permis de compléter ses capacités industrielles
(fermentation, biologie de synthèse et science des données, déjà optimum en 2017) avec
des technologies et compétences indispensables à une activité de découverte de nouveaux
antimicrobiens, et ce à plusieurs niveaux :
– Collection d’espèces bactériennes
– isolement et domestication de nouvelles souches bactériennes pour étendre la biodiversité du souchier propriétaire de DEINOVE ;
– Extraction bactérienne – mise en place d’une plateforme robotisée à débit élevé pour
générer des extraits de métabolites secondaires ultra-concentrés à partir de cultures
bactériennes ;
– Criblage antimicrobien – mise en place d’une plateforme robotisée de criblage
permettant de tester les extraits bactériens contre des agents pathogènes prioritaires
résistants aux antibiotiques ;
– Biologie de synthèse
– automatisation et renforcement des capacités d’ingénierie
génétique pour modifier et optimiser des souches bactériennes ;
– Déréplication d’extraits bactériens – mise en place de capacités analytiques pour
identifier une molécule présentant une activité antimicrobienne au sein d’un extrait
bactérien complexe ;
– Gestion de l’information et capitalisation des connaissances
– intégration d’un système de gestion des données de laboratoire (LIMS).
Pour Georges Gaudriault, Directeur Scientifique de DEINOVE : « Grâce au programme
AGIR, DEINOVE a construit une plateforme industrielle unique en France et exceptionnelle
dans le monde pour la découverte de nouveaux antimicrobiens à partir de microorganismes.
C’est un réel accomplissement scientifique, technologique et industriel pour DEINOVE. Nous avons à présent une plateforme de criblage automatisée et à haut débit, avec des techniques robustes et validées selon les plus hauts standards industriels internationaux. La crise de la Covid-19, d’une part, et l’urgence sanitaire croissante de l’antibiorésistance, d’autre part, rappellent à quel point la souveraineté industrielle dans le domaine de la santé est clé. »
En termes de productivité, l’activité des partenaires s’est intensifiée au fur et à mesure de la
mise en place des capacités technologiques, avec un découpage précis des tâches à
réaliser : chez DEINOVE, la responsabilité d’isoler et de domestiquer de nouvelles souches,
de tester les activités antimicrobiennes et de produire les extraits actifs ; à l’Institut Charles
Viollette, d’identifier les molécules responsables de l’activité dans les extraits (déréplication).
Au cours de ce projet, DEINOVE a mis en banque près de 7000 nouvelles souches
bactériennes propriétaires, identifié et produit un nombre important d’extraits bactériens
actifs, qui ont été priorisés pour déréplication à l’Institut Charles Viollette, en lien étroit avec
DEINOVE. Malgré le fort impact de la crise Covid-19 sur ses activités, l’Institut Charles
Viollette a dérépliqué 45 souches, notamment des molécules très récemment découvertes
dans la famille des stechlisins².
Pour Vincent Phalip, Directeur-Adjoint de l’Institut Charles Viollette, « La crise de la
Covid-19 a fortement impacté le projet dans nos activités de déréplication. L’Université de
Lille a été totalement fermée pendant 10 semaines, suivie d’une période progressive de
retour sur site, mais avec un impact sur nos activités qui s’est prolongé pendant plusieurs
mois. Néanmoins, la rapidité, l’efficacité et le gain économique du workflow que nous avons
pu développer dans le cadre d’AGIR, ainsi que son potentiel pour découvrir des molécules
actives, ont été démontrés. »
Alexis Rideau, Directeur Général de DEINOVE, conclut : « Disposer de nouveaux
antimicrobiens est une attente majeure de la communauté médicale face à l’intensification
des résistances bactériennes dans le monde, comme l’a encore souligné en janvier dernier
le prestigieux journal de médecine, The Lancet³. La plateforme de DEINOVE est aujourd’hui
reconnue comme exceptionnelle par les experts du secteur et un atout de poids pour la
France face à l’enjeu de santé publique de l’antibiorésistance, dans un contexte d’innovation
mondial encore bien trop faible dans ce domaine4. Nous remercions l’Institut Charles
Viollette, pour cette collaboration fructueuse, ainsi que le Programme d’Investissements
d’Avenir et Bpifrance pour leur soutien. AGIR a été crucial pour transformer DEINOVE en un
acteur industriel majeur dans la lutte contre l’antibiorésistance. L’ajout récent de la
microfluidique à cette plateforme technologique, via le plan France Relance, permettra
d’augmenter drastiquement la cadence du criblage initial pour détecter directement une
activité antimicrobienne à l’échelle d’une souche bactérienne et de concentrer nos efforts
sur les meilleurs candidats avec le reste de la plateforme. »
1 Antibiotiques contre les Germes Infectieux Résistants
2 Marner et al., (2020). Journal of Natural Products, 83(9), 2607-2617
3“Global burden of bacterial antimicrobial resistance in 2019: a systematic analysis.” Lancet (London,
England) vol. 399,10325 (2022): 629-655.
4The State of Innovation in Antibacterial Therapeutics, Bo Industry Analysis, February 2022
À PROPOS DE DEINOVE
DEINOVE est une société de biotechnologie française pionnière dans l’exploitation d’un
domaine du vivant à 99,9% inexploré : la « matière noire microbienne ». En révélant le
potentiel métabolique de bactéries rares ou considérées jusqu’à présent comme
incultivables, elle s’attaque à un défi sanitaire et économique d’échelle planétaire : la
résistance aux antimicrobiens.
Les nouvelles molécules identifiées et développées par DEINOVE ciblent ainsi les super-pathogènes (microbes devenus résistants à un ou plusieurs antimicrobiens) à l’origine de maladies infectieuses potentiellement mortelles qui se répandent désormais à grande vitesse.
Cette approche de rupture a donné naissance à l’une des toutes premières plateformes de
micro-biotechnologie spécialisée au monde et une collection unique de près de 10 000
souches rares et de milliers d’extraits bactériens. Aujourd’hui, DEINOVE conduit plusieurs
programmes de développement dont l’essai clinique de Phase II de son premier candidat
antibiotique dans les formes sévères d’infections à Clostridioides difficile, l’une des
premières urgences mondiales. La Société a aussi développé de nouvelles micro-usines
bactériennes qui répondent à l’autre enjeu de la course aux antimicrobiens : la production
industrielle de ces composés rares, peu concentrés et aux structures chimiques souvent
trop complexes pour être générés par synthèse chimique.
Basée au cœur du parc Euromédecine de Montpellier, DEINOVE est cotée sur EURONEXT
GROWTH® (ALDEI – code ISIN FR0010879056) depuis 2010. La Société compte une
équipe de plus de 50 personnes et s’appuie sur un réseau de partenaires académiques,
technologiques, industriels et institutionnels de rang mondial.
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