Vous n'êtes pas encore inscrit ?
InscriptionParis, le 10 janvier 2022
A l’occasion de la visite de l’Institut Pasteur par le Premier ministre, le Gouvernement
annonce un financement de près de 10 millions d’euros pour la recherche sur les
variants du SARS-CoV-2 dans le cadre du plan de surveillance génomique de variants
mise en œuvre par le consortium EMERGEN.
Coordonné par l’ANRS | Maladies infectieuses émergentes, agence autonome de
l’Inserm, et Santé publique France (SpF), le consortium EMERGEN1 assure actuellement
la surveillance génomique des variants du SARS-CoV-2 sur le territoire français. Créé
en janvier 2021 pour renforcer les capacités de surveillance génomique et de
recherche sur les variants du SARS-CoV-2 en France, ce consortium a permis de
produire 317 521 séquences au total depuis son lancement en janvier 2021, multipliant
par plus de 100 le nombre de séquençage réalisé par rapport à 20202
.
Dès sa mise en place, le consortium EMERGEN a permis de mobiliser les principaux
laboratoires de virologie disposant de fortes capacités en séquençage (CNR Institut
Pasteur, CNR Hospices Civils de Lyon, Laboratoires experts pour l’appui au
séquençage du SARS-CoV-2 : AP-HP Mondor et AP-HM Marseille) et les laboratoires
hospitaliers du réseau de virologie ANRS | Maladies infectieuses émergentes, et depuis
juillet 2021 un certain nombre des laboratoires de biologie médicale privés participent
aux activités de séquençage. Cet effort est mené en métropole mais également dans
les Outre-Mer ; la détection et l’identification du variant Omicron du SARS-CoV-2 par
l’unité mixte de recherche processus infectieux en milieu insulaire tropical (PIMIT) de
l’Université de la Réunion en est un exemple concret.
Par ailleurs, dans le contexte d’une épidémie mondiale, l’Agence française de
développement (AFD) et l’ANRS | Maladies infectieuses émergentes, en partenariat
avec l’Institut Pasteur, l’IRD et des laboratoires de 13 pays d’Afrique ont lancé conjointement le projet AFROSCREEN3. Ce projet répond à un besoin urgent de surveillance de l’évolution des variants du SARS-CoV-2 et d’autres pathogènes émergents en renforçant les capacités de séquençage génomique des laboratoires. Ce projet de l’Initiative Santé en Commun4, voulu par le Président de la République,
renforce la contribution de la France à la riposte mondiale contre la pandémie de
Covid-19 et s’inscrit dans la stratégie du G20, en étroite coordination avec le CDC
(Centres for Disease Control and Prevention) de l’Union Africaine.
En parallèle aux activités de surveillance d’EMERGEN, coordonnées par Santé publique
France, l’objectif du volet recherche, coordonné par l’ANRS | Maladies infectieuses
émergentes, est de déployer des projets pour favoriser l’acquisition de connaissances
autour des variants du SARS-CoV-2. Pour cela, la première action du consortium a été
de proposer très rapidement des projets de recherche à fort potentiel d’impact, selon
quatre axes définis dans le projet EMERGEN : anticipation et analyse de la signification
des variants à partir d’un volet « recherche expérimentale et modèles » ; identification,
caractérisation, et analyse de l’évolution de nouveaux variants dans des cohortes ;
modélisation de l’évolution et de l’impact de ces variants ; et enfin évaluation de
l’utilisation des eaux usées comme outil de suivi des variants.
En accord avec le ministère de l’Enseignement Supérieur, de la Recherche et de
l’Innovation, l’ANRS | Maladies infectieuses émergentes a identifié différents experts
scientifiques externes habilités à évaluer les projets EMERGEN en fonction des
thématiques abordées et des spécificités des projets déposés dans le cadre de ce volet
recherche.
Au terme d’une évaluation scientifique rigoureuse et transparente, la ministre de
l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation a validé le financement
de 15 projets de recherche et 1 projet d’infrastructure pour un montant total de
9 313 060 €.
Ce volet recherche contribuera à l’acquisition de connaissances autour des variants
du SARS-CoV-2, et permettra notamment une exploitation en profondeur des
données d’évolution et de phylogénie virale et leur intégration dans les activités de
modélisation épidémiologique, le suivi de et la compréhension de résistance aux anti-infectieux ou d’échappement à la réponse immunitaire, ou encore la détection de variants permettant d’anticiper un franchissement de la barrière d’espèce.
A plus long terme, le système de surveillance génomique et de recherche déployée
dans le cadre d’EMERGEN s’étendra aux infections à pathogènes émergents (infections
virales, bactériennes, fongiques, et parasitaires).
1 https://www.anrs.fr/fr/emergences/covid-19/projet-emergen
2 Toutes les séquences produites par EMERGEN ont vocation à alimenter deux dépôts internationaux :
GISAID (Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data) pour un partage rapide avec la communauté
internationale de virologie, et European Nucleotide Archive (ENA) pour ouvrir l’accès à l’ensemble des
données brutes de séquençage et permettre des réanalyses approfondies.
3 https://www.anrs.fr/fr/actualites/895/afroscreen-un-programme-de-riposte-contre-la-covid-19
Liste des partenaires du consortium EMERGEN
Le consortium EMERGEN réunit les compétences et capacités des institutions et
laboratoires suivants :
– Santé publique France
– ANRS | Maladies infectieuses émergentes
– Institut Pasteur- CNR Virus des infections respiratoires
– Hospices civils de Lyon – CNR Virus des infections respiratoires
– AP-HP – CHU Henri Mondor
– AP-HM – Pôle infectieux
– Institut Français de Bioinformatique (IFB)
– Anses
– CEA – Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH)
– Réseau des laboratoires de virologie ANRS | Maladies infectieuses émergentes
– Inserm – Aviesan – ITMO Technologies pour la Santé
– Unité des Virus Émergents – UVE, Université Aix-Marseille, Inserm, IRD
– Réseau Sentinelles
Liste des projets financés
Nom du projet Titre du projet Bénéficiaires
EMERGEN-PRI Projet de renforcement des infrastructures Unité des Virus Émergents – Aix-Marseille Université –Inserm – IRD ; CNR des virus des infections respiratoires –
Institut Pasteur ; IDMIT – CEA ; LRFSN – Anses
BIOVAR Biological Characterisation of variants Unité des Virus Émergents – Aix-Marseille Université –
Inserm – IRD ; Institut Pasteur ; IDMIT – CEA ; Anses
PRODEVAR Protection et directed evolution studies Unité des Virus Émergents – Aix-Marseille Université – Inserm – IRD ; CNR des virus des infections respiratoires –Institut Pasteur ; IDMIT – CEA ; LRFSN Anses ; UVS –Institut Pasteur
SIID SARS-CoV-2 Infection of Immunosuppressed patients Laboratoire de Virologie Hôpital Pitie Salpêtrière – AP-HP; Laboratoire de Virologie Hôpital Bichat C.
Bernard – APHP ; Laboratoires du réseau AC43 ANR MIE
Cov-POPART Study of vaccine failure in the CoV-POPART cohort Unité des Virus Émergents – Aix-Marseille Université –Inserm – IRD ; CNR des virus des infections respiratoires –Hospices Civils de Lyon ; CIC Cochin Pasteur, Université Paris Descartes, Sorbonne Paris Cité, Hôpital Cochin, APHP
French COVID Inclusion of patients infected by new circulating variants CNR des virus des infections respiratoires – Institut Pasteur ; Vaccine Research Institute ; CNR virus des infections respiratoires – Hospices Civils de Lyon ;
Laboratoire Virpath ; Institut Imagine ; Inserm UMR 1137
IAME PED-COVID family Determinants of SARS-CoV-2 variants infectivity and genome evolution in a cohort of pauci/asymptomatic children and their parents
Hôpital Necker – APHP, Institut Pasteur, Centre National
de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH) et
Service de Biologie Intégrative et de Génétique
Moléculaire (SBIGeM) – CEA
CoVEvol Dynamics of the evolution of Sars-Cov-2 populations with or without immune pressure
Laboratoire de Virologie – CNR virus des infections
respiratoires – Hospices civils de Lyon ; Laboratoire
Ploufragan-Plouzané-Niort – Anses ; Département d’Epidemiologie – Hospices Civils de Lyon
COVIVac-VR /CORSER-4 Assessment of the humoral immune response to COVID-19 vaccination in each subpopulation defined by type of vaccination regimen, at 1- 3-6-12-24 months Institut Pasteur
SEVARVIR Characterization of the impact of SARS-CoV-2 variability on the course of COVID-19 in patients with severe disease hospitalized in Intensive Care Units- A prospective observational multicentre study
Hôpital Henri Mondor – APHP ; Inserm
IMMUNO-COVID Immune response and immunological MEMORY against SARS-CoV-2: impact of viral variants, vaccination, and protection against reinfection Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI) – Université LCNRS – ENS de Lyon; Hospices Civils de Lyon
MODVAR Estimating the characteristics of SARS-CoV-2 variants and modelling their impact on epidemic dynamics Institut Pasteur ; Inserm ; CNRS ; INRIA
EmerEaUde Analysis of wastewaters to detect SARS-CoV-2 variants and guide public health decisions
Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH) et Service de Biologie Intégrative et de
Génétique Moléculaire (SBIGeM) – CEA; Eaux de Paris;
ICM; Institut Français de Bioinformatique ; IFREMER
(LSEM, SeBIMER) ; IRBA ; Université de Limoges, UMR INSERM 1092 ; LCPME – UMR 7564 , CNRS – Université de Lorraine – UMT ViroControl ; Sorbonne Université ; Strasbourg Université
QUASICOV Characterization of SARS-CoV-2 quasi-species by single molecule real time sequencing (Pacific
Biosciences CHU Toulouse
DIV Digestive tropism and intestinal pathology of SARS-CoV-2 variants: exploration through in vivo and vitro models LSAn, UMR 1161 Virologie – ENVA ; LSAl, unité Virus Entériques – ANSES
RATVAR Evaluation of the receptivity, susceptibility and transmission potential of the Murinae subfamily to SARS-CoV-2 variants LRFSN – Anses ; OBEPINE ; Institut Pasteur ; USC 1233 RS2GP – INRAE/VetAgro Sup
