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Inscription22 avril 2024
L’Institut Pasteur se réjouit de la sélection de 4 chercheuses et chercheurs
pasteuriens parmi les premiers lauréats de l’appel à projets « Chaires d’Excellence
en Biologie-Santé » de l’Agence Nationale de la Recherche (ANR) :
• Yasmine Belkaid, lauréate pour son projet “MAMM” consacré au Contrôle de
l’Immunité Maternelle sur la Première Vie. Yasmine Belkaid est également directrice
générale de l’Institut Pasteur depuis janvier 2024 ;
• Mélanie Hamon, responsable de l’unité Chromatine et infection à l’Institut Pasteur, pour
son projet “ChromaBac” sur les Modifications de la chromatine induites par les bactéries
dans la promotion de la santé et la prévention des maladies ;
• Romain Koszul, responsable de l’unité Régulation spatiale des génomes à l’Institut
Pasteur, porteur du projet “COMET” axé sur la Résolution des Écosystèmes Complexes
par la Métagénomique de Contact ;
• Lluis Quintana-Murci, professeur au Collège de France et responsable de l’unité de
Génétique évolutive humaine à l’Institut Pasteur, sélectionné pour son projet “EPIGEMI”
portant sur l’Exploration des Facteurs Génétiques, Épigénétiques et Environnementaux
Sous-Jacents au Métabolisme et à l’Inflammation Dysrégulés.
Ce résultat, obtenu après l’évaluation rigoureuse d’un jury international de premier plan, vient
reconnaître l’excellence académique de la recherche pasteurienne et souligne l’engagement de
l’Etat aux côtés des chercheuses et des chercheurs qui portent des projets novateurs et
innovants. Il a été annoncé par Sylvie Retailleau, ministre de l’Enseignement supérieur et de la
Recherche, et Frédéric Valletoux, ministre délégué auprès de la ministre du Travail, de la Santé,
et des solidarités, chargé de la Santé et de la Prévention, dans le cadre d’une cérémonie, qui
s’est tenue aujourd’hui à l’Institut Pasteur.
A l’occasion de la cérémonie de présentation des lauréats, Yasmine Belkaid, directrice
générale de l’Institut Pasteur, a déclaré : « Je suis très heureuse et très fière que l’État ait
choisi de présenter les lauréats du programme Chaires d’Excellence à l’Institut Pasteur. Ce
programme, c’est un investissement important pour soutenir la recherche dans des domaines où
nous excellons en France. C’est aussi un mode de financement particulier, qui fait confiance à
une équipe, soutient des talents et laisse à la créativité des chercheurs l’espace et le temps pour
s’exprimer. C’est extrêmement important. C’est la possibilité, enfin, de recruter et de soutenir les
meilleurs chercheuses et chercheurs, et d’acheter des équipements de pointe, pour aider à
replacer la France dans la course internationale à l’innovation. »
L’appel à projets « Chaires d’Excellence en Biologie-Santé » mise en place par l’Agence
Nationale de Recherche dans le cadre de France 2030 représente une avancée significative dans
le domaine de la recherche en biologie-santé. En ayant recours à un jury international de très
haut niveau et en offrant à chaque équipe jusqu’à 3 millions pour conduire leur projet sur une
période de cinq ans, il témoigne d’une nouvelle orientation très positive visant à soutenir des
chercheuses et des chercheurs de talent sur le long terme et en leur laissant la liberté nécessaire
à l’expression de leur créativité. Ce programme s’inscrit dans le plan France 2030, porté par le
Secrétariat Général pour l’Investissement (SGPI) pour produire au moins 20 biomédicaments,
notamment contre les cancers et les maladies chroniques, et développer des dispositifs médicaux
innovants sur notre territoire.
Grâce aux financements du programme, les lauréats pourront recruter de nouvelles chercheuses
et de nouveaux chercheurs dans leur équipe et renforcer leur équipement en outils
technologiques de pointe, stimulant ainsi davantage l’innovation et les découvertes scientifiques
dans l’environnement pasteurien. Ils seront également encouragés à déposer des projets au
Conseil Européen de la Recherche (ERC), consolidant ainsi leur impact au niveau international.
L’Institut Pasteur félicite chaleureusement les chercheuses et chercheurs lauréats et remercie
sincèrement l’ANR, le ministère de l’Enseignement supérieur et de la Recherche, le ministère du
Travail, de la Santé et des Solidarité, et le Secrétariat général pour l’Investissement pour leur
soutien crucial à l’avancement de la recherche biomédicale en France.
« Les pouvoirs publics doivent être vivement remerciés car ces chaires correspondent pleinement
à la culture et à la vocation de l’institut Pasteur : faire confiance sur la durée à des équipes
d’excellence, sur des projets très originaux et innovants, en les dotant de moyens importants,
avec entre autres l’objectif de contribuer à la réduction des inégalités de santé », a indiqué Yves
Saint-Geours, Président du Conseil d’Administration de l’Institut Pasteur, en ouverture de
la cérémonie.
Les quatre scientifiques de l’Institut Pasteur ayant obtenu une Chaire d’Excellence sont :
Yasmine Belkaid, directrice générale de l’Institut Pasteur, lauréate pour son projet “MAMM”
consacré au Contrôle de l’Immunité Maternelle sur la Première Vie.
« Malgré l’importance fondamentale de la grossesse pour la survie humaine, notre
compréhension de l’immunité mère-enfant est peu explorée. L’infection ou la malnutrition pendant
la grossesse peut avoir des conséquences irréversibles et les inflammations subies par le fœtus
peuvent provoquer des cicatrices irréversibles. L’objectif du projet de recherche MAMM est de
développer une compréhension mécaniste de l’immunité associée à la grossesse et à la lactation
et de la manière dont l’infection et l’inflammation conduisent à des trajectoires inadaptées. Cette
ligne de recherche, historiquement négligée, est une responsabilité partagée pour concevoir des
stratégies thérapeutiques et vaccinales sûres et ainsi assurer la protection de la mère et de
l’enfant. C’est un sujet qui me tient très à cœur. »
Mélanie Hamon, responsable de l’unité Chromatine et infection à l’Institut Pasteur, pour son
projet “ChromaBac” sur les Modifications de la chromatine induites par les bactéries dans la santé
et la maladie.
« Le financement de l’ANR Chaire d’excellence est une opportunité unique de faire rayonner la
recherche française. Avec ce financement, je pourrai sereinement recruter, équiper le laboratoire
et permettre à mon équipe de mener des projets ambitieux et compétitifs de manière pérenne.
Je remercie l’ANR pour son soutien, ainsi que l’Institut Pasteur qui met tout en œuvre pour sa
réalisation. J’aimerais tout particulièrement remercier le Grants Office pour son
accompagnement, mes collègues pour leur aide tout au long du processus et l’équipe de mon
laboratoire pour l’excellence de son travail. »
Romain Koszul, directeur de l’unité Génome et génétique à l’Institut Pasteur, porteur du projet
“COMET” axé sur la Résolution des Écosystèmes Complexes par la Métagénomique de Contact.
« Je suis extrêmement reconnaissant à l’ANR d’avoir organisé cet appel d’offres ouvert et
international, et au Grants Office de l’Institut Pasteur pour l’aide qu’il a apportée lors du montage
du projet. Grâce à ce financement substantiel, nous allons pouvoir former plusieurs personnes
pour exploiter à grande échelle les avancées technologiques de l’équipe, qui fournissent des
résultats enthousiasmants et d’une résolution exceptionnelle sur la structure des écosystèmes
bactériens. »
Lluis Quintana-Murci, responsable de l’unité de Génétique évolutive humaine à l’Institut Pasteur
et professeur au Collège de France, récompensé pour son projet “EPIGEMI” portant sur
l’Exploration des Facteurs Génétiques, Épigénétiques et Environnementaux Sous-Jacents au
Métabolisme et à l’Inflammation Dysrégulés.
« Une chose qui me réjouit particulièrement est d’avoir obtenu un financement public pour étudier
les facteurs à l’origine de l’état de santé des populations polynésiennes. Cela représente un début
d’équité dans le domaine de la génomique humaine, souvent biaisé par l’étude des populations
européennes. Outre les considérations éthiques, cette question revêt un caractère scientifique et
médical crucial, qui n’aurait pu être exploré sans notre partenaire à Tahiti (Institut Louis Malardé),
mais aussi le Pôle de Coordination de la Recherche Clinique et le Grants Office de l’Institut
Pasteur. »
A propos des quatre projets de recherche
Yasmine Belkaid, projet “MAMM” : Contrôle de l’immunité maternelle sur la première vie
Le projet explore la relation entre la mère et l’enfant pendant la grossesse, un sujet hélas encore
mal compris et négligé dans le champ scientifique, sur lequel nous avons encore beaucoup à
découvrir. Il s’attachera à étudier comment le système immunitaire de la mère évolue et contrôle
la transformation du corps maternel au cours des neuf mois de gestation. Il tentera aussi de
comprendre comment les infections durant la grossesse influencent l’immunité de la mère,
impactent celle de l’enfant et prédisposent ce dernier à développer certaines maladies
inflammatoires à l’avenir. Cette compréhension est essentielle pour développer des traitements,
des vaccins mais surtout des outils de prévention sûrs, car les infections pendant la grossesse
peuvent avoir des conséquences irréversibles sur le développement et la santé de l’enfant.
Mélanie Hamon, projet “ChromaBac” : Modifications de la chromatine induites par les
bactéries dans la santé et la maladie
Le projet vise à comprendre comment le corps établit un équilibre avec des bactéries qu’il abrite
naturellement et comment cet équilibre est rompu au contact avec de bactéries pathogènes,
déclenchant ainsi des infections invasives. Les chercheurs s’intéressent à Streptococcus
pneumoniae, une bactérie naturellement portée par une large partie de la population, surtout les
enfants, mais qui crée aussi, dans certaines situations, des infections responsables de
pneumonies et de méningites graves. Plus de 800 000 enfants de moins de 5 ans meurent,
chaque année, des suites d’une infection due aux pneumocoques dans le monde selon
l’Organisation mondiale de la santé (OMS). L’équipe a déjà montré que les bactéries pathogènes
comme Streptococcus pneumoniae modifient certaines protéines de nos cellules qui contrôlent
l’expression de nos gènes. Elle cherche désormais à identifier et à comprendre ces modifications
très particulières, qui sont un point de bascule crucial d’un état asymptomatique à un état
pathologique en présence de bactéries. Alors que les bactéries se révèlent de plus en plus
résistantes aux antibiotiques, la compréhension de ce phénomène pourrait conduire à de
nouveaux traitements thérapeutiques ou préventifs contre les pneumocoques et contre les
bactéries en général.
Romain Koszul, projet “COMET” : Résolution des écosystèmes complexes par la
métagénomique de contact
Le projet vise à comprendre l’organisation des génomes de bactéries et d’archées (des êtres
vivants microscopiques présents dans les océans et intervenant par exemple dans le cycle du
carbone) et l’activité de ces génomes au fil du temps et au gré des modifications de leur
environnement. Grâce à leur outil metaHiC, les chercheurs proposent notamment de générer des
photographies haute résolution de la complexité et de la dynamique des liens unissant toutes les
molécules d’ADN de populations microbiennes complexes. Ces expériences seront menées dans
des milieux très différents : en effectuant, d’une part, des prélèvements au sein de la colonne
d’eau dans la rade de Brest au fil des saisons et des activités humaines ; en étudiant, d’autre
part, le microbiote intestinal d’une cohorte de nourrissons pendant un an au regard d’événements
particuliers tels que des traitements médicaux. L’analyse des données implique le
développement d’approches d’apprentissage profond ou “deep learning” pour déterminer dans
quelle mesure l’organisation des chromosomes informe sur l’activité des génomes et le
métabolisme des bactéries. Ces expériences permettront à l’équipe d’explorer l’évolution de ces
écosystèmes complexes au fil du temps, y compris à travers de possibles transferts d’information
génétique d’une espèce ou d’une souche bactérienne à une autre.
Lluis Quintana-Murci, projet “EPIGEMI” : Exploration des facteurs génétiques,
épigénétiques et environnementaux sous-jacents au métabolisme et à l’inflammation
dysrégulés
Le projet vise à comprendre dans quelle mesure les différences génétiques entre individus, ainsi
que d’autres facteurs tels que l’âge, le sexe, le mode de vie ou la nutrition, influencent l’état
métabolique (comme l’obésité) et, en retour, comment cet état métabolique influence la réponse
immunitaire aux microbes causant les maladies. L’hypothèse est que nos différences face aux
maladies résultent des interactions entre nos caractéristiques génétiques et nos modes de vie,
ce que l’on connait comme les interactions gène-environnement. Pour vérifier cette hypothèse,
l’équipe va étudier la population de la Polynésie française, en partenariat avec l’Institut Louis
Malardé de Tahiti, car c’est une région où la prévalence de certaines maladies métaboliques est
parmi les plus élevées au monde. Elle pourra ainsi comprendre l’impact de facteurs génétiques
et non-génétiques sur les maladies métaboliques et la réponse immunitaire à certains
pathogènes, comme le virus de la grippe. A terme, ce travail devrait permettre d’identifier des
pistes pour de futurs traitements thérapeutiques et des mesures préventives supplémentaires. Il
devrait aussi permettre d’avoir une vision plus complète de la diversité génétique humaine car, à
l’heure actuelle, 78% des études en génétique humaine portent sur des individus d’origine
européenne, alors que ces derniers ne représentent que 16% de la population mondiale. Cela
n’est pas seulement contestable sur le plan éthique, mais entraine aussi une compréhension
partielle de la manière dont la génétique et l’environnement contribuent aux différences de
vulnérabilité aux maladies.
